La presencia humana en Fuentes de León está constatada en diversos yacimientos.

En la cueva del agua, apareció en 1983 un enterramiento neolítico datado en el 3500 a. C., se trata de una mujer, cerámica, y diversos grabados. Existió también presencia celta en diversos asentamientos como la Sierra de Castro, la zona de Hoyos o la Sierra de la Madrona.

La dominación romana dejó su huella en estas tierras, se han descubierto mosaicos, inscripciones funerarias,columnas, y cerámica, lo que hace pensar en un pequeño asentamiento entre los siglos III y IV.

Queda también patente la presencia árabe en estos entornos, donde encontramos el Castillo del Cuerno. Esta presencia se mantuvo hasta 1247-48 cuando es conquistada por tropas cristianas y entregada a la Orden de Santiago, momento desde el que se asienta y funda la población tal y como hoy la conocemos.

La historia de la villa permanecerá ligada a la Encomienda Mayor de León a la que perteneció hasta 1873.

Desde 1833 pertenece al Partido Judicial de Fregenal de la Sierra, dejando de pertenecer desde entonces al Concejo de Sevilla. En el censo de 1842 contaba con 722 hogares y 2920 vecinos.