Durante los siglos XI y XII, la Reconquista se vio interrumpida por la acción de los Almorávides y los Almohades, que asolaron las tierras recién repobladas. Ante la debilidad de los Reyes de Castilla, carentes de un ejército eficaz para mantener la frontera, confiaron la defensa de esta a las Órdenes Militares (Orden de Santiago)
Entre los años 1158 y 1252, la Orden de Santiago volcó todo su esfuerzo en las campañas militares que dieron como resultado los grandes avances territoriales cristianos del siglo XIII. Los Reyes Católicos , en agradecimiento, los pusieron bajo su señorío , y los llamaron Maestrazgos, cuya explotación y colonización se realizo dividiéndolos en Encomiendas.
Entre los siglos XIII al XV, nacía la Aldea de la Nava de Santiago, en un valle de la penillanura, favorecida por las condiciones naturales del suelo y la abundancia de agua, que en 1508 contaba con 6 vecinos; este retrato es de una población tardía cuyo asentamiento definitivo no debió surgir antes de mediados de siglo XIV.
Pero según “la Enciclopedia de Extremadura”, el origen de la Nava de Santiago, se encuentra en uno de los asentamientos fundados en el entorno emeritense de la orden de Santiago, tras la reconquista definitiva del territorio a mediados del siglo XIII.
En el año 1566, el Rey Felipe II redujo a gobernaciones todos los pueblos de la Orden de Santiago, formando alcaldías mayores a causa de la deficiente administración de justicia.
En el año 1571, se confecciona un censo de población, remitido por los gobernadores de los partidos de las Ordenes Militares a la cámara de Castilla, en el que se detallan dichos partidos con sus villas y los vecinos de cada una de ellas.
La Orden de Santiago se dividía en nueve partidos. En el Partido de Mérida estaba integrado el Lugar de la Nava de Santiago, que en 1571 contaba con 80 vecinos.
En 1633, Bernabé Moreno de Vargas escribe “Una historia de la ciudad de Mérida donde dice: el Lugar de la Nava de Santiago será de 140 vecinos; fue siempre buen pueblo y muy sano, llamándose Nava del Membrillo porque en el sitio donde se fundó, estaba un notable y grande árbol de membrillos. Nava en arábigo es la tierra llana que está cerca de sitios altos y montuosos. Tiene buena iglesia y una ermita de Santa Quiteria abogada contra el mal de rabia. De aquí fue el presidente Don Juan de Obando, cuyos sobrinos tienen en este lugar casa y hacienda. También fue de este lugar el licenciado Juan de Gómez, del Consejo Supremo de Castilla y de la Cámara de su Majestad Felipe II, fue antes colegial del Colegio Mayor de San Bartolomé en Salamanca, oidor de Granada y alcalde de Corte de Madrid.”
El 7 de Julio de 1708, la iglesia de la Nava sufrió el ataque de los portugueses, y fruto del cual, debieron producirse muchas muertes.
Fray Juan Matheo Reyes Ortiz de Thobar, escribe en 1779 “que la Nava es de 100 vecinos en su Parroquia, fue fundada por moros de Mérida llamándola Nova , ya corrupto el nombre Nava del Membrillo, por los años de 850 de Cristo. Ganáronla los moros el año 1228, siendo después poblada de Cristianos. Dice también que son abundantes del lugar pan, ganados, miel, cera, pesca del arroyo Aljucén, caza, frutas, legumbres, hortalizas y buenos pastos.”
Aunque todos los indicios apuntan a que la localidad simplemente se llamase “La Nava”, y que todo lo demás fuesen sobrenombres con los que se le conocía; la data oficial de su fundación se fija entorno al siglo XIV.
