Como dato que afirma la existencia primitiva del lugar es el naranjal existente en el sitio de la Atalaya, dotado de un complejo sistema de riego al que se atribuye origen romano, visigodo o árabe.

Tras la conquista cristiana de Mérida, en el año 1230, el territorio de Mirandilla continúa integrado en el emeritense; y de la kura o kora emeritense de la época musulmana pasó a formar parte del Castillo Terminado de Mérida, primero como donadío exclusivo del Arzobispado de Santiago de Compostela y, a partir de 1231, como posesión compartida entre éste y la Orden de Santiago.

Su fundación fue realizada en el siglo XIII por gentes oriundas de Miranda de Ebro; y según otras, en el XIV, por pobladores portugueses llegados de Miranda de Duero. De su reducido núcleo inicial y del origen de sus primeros ocupantes se hace derivar el topónimo de Mirandilla. Se unieron más tarde los enclaves inmediatos de la Atalaya de Ramos y Muñina, consolidando un asentamiento de mayor entidad.

En el año 1235 se formalizó el primer Ayuntamiento de Mérida y de su Término, al concederle el Arzobispado y la Orden su primer Fuero. Esta formalización administrativa, que afectará a Mirandilla hasta su independencia, se hace bajo el tipo de Comunidad de Villa y Tierra; en el caso emeritense, estructura el territorio de forma que alrededor de una Villa o Ciudad existen, bajo su dependencia jurisdiccional, numerosas aldeas que comparten derechos y deberes, tanto civiles como militares.

Las comunidades santiaguistas de villa y tierra o en el caso de Mérida de Ciudad y Tierra gozan, no obstante, de señaladas particularidades; sus vecinos, organizados en Concejo no ejercerán todos los derechos de propiedad y de organización del término municipal, hecho que Gonzalo Martínez Díez observa en el realengo y que aquí corresponderá al Maestre, al Capítulo General de la Orden e, incluso, a los Visitadores.

En base al dominio solar o uso propietario y señorío jurisdiccional, que la Orden ejercía sobre sus territorios, en 1275 el maestre Gonzalo Ruiz de Girón concedió a las aldeas emeritenses cierta autonomía municipal al disponer que tuviesen alcaldes por si, y sobre si. Este privilegio permitía a los mirandillanos, disponer de un Ayuntamiento Pedáneo compuesto por alcalde, regidores y oficiales. Según las Ordenanzas Municipales de Mérida y su Tierra la autoridad de este Ayuntamiento no alcanzaba a los habitantes de la ciudad que delinquían en su término aldeano.

En 1327 el maestre Vasco Rodríguez de Cornago le concede a Mérida un segundo Fuero; pudiera considerarse este refuero como una reacción centralizadora respecto a la Carta-Privilegio de Ruiz Girón por la fecha en que se dicta.

Según Moreno de Vargas las villas del Término de Mérida disponían de los siguientes privilegios: sus alcaldes ordinarios tienen plena jurisdicción y conocen de todas causas civiles y criminales en primera instancia, y apelándose de ella para el gobernador y justicia de Mérida, conoce en la segunda instancia. Y asimismo las visita cada tres años en la forma y orden que por las leyes del reino, privilegios y provisiones y reales que tienen las villas.

Navarro del Castillo sitúa la independencia municipal de las últimas aldeas emeritenses después del año 1843 ya que en esta fecha aún las considera aldeas. Presentó el padrón vecinal de Mérida y pueblos de su partido, referente a dos fechas de estos reinados, años 1829 y 1843 Aljucén Calamonte Carmonita Carrascalejo Cordobilla Esparragalejo Mirandilla La Nava de Santiago San Pedro de Mérida y Trujillanos eran aldeas de Mérida.

Mirandilla adquiere definitivamente su independencia municipal, tras la Década Ominosa, en el año 1835 durante el Reinado de Isabel II y bajo la Regencia de su madre la Reina Gobernadora María Cristina de Borbón y el gobierno del Conde de Toreno, liberal moderado.

La Ley que hizo posible esta emancipación municipal fue el Real Decreto para el arreglo provisional de los Ayuntamientos de la Península é Islas adyacentes, publicado el martes , 4 de agosto de 1835 en el nº 65 del Boletín Oficial de la Provincia de Badajoz. Se independizaron definitivamente de Mérida: Aljucén, Calamonte, Carmonita, Carrascalejo, Cordovilla, Esparragalejo, Mirandilla, La Nava de Santiago, San Pedro de Mérida y Trujillanos.

En la actualidad depende del Partido Judicial de Mérida, Audiencia Territorial de Badajoz y en lo eclesiástico, la iglesia de Santa Maria Magdalena, a la Vicaría Zona Noroeste, Arciprestazgo de Calamonte y Archidiócesis de Mérida-Badajoz