Villanueva de la Serena nació a mediados del siglo XIII, fundada por unos labradores de Medellín, que la bautizaron con el nombre de Aldeanueva. Desde el año 1160 tenemos noticias de su repoblación.
En la España Romana hubo cerca de Villanueva de la Serena un poblado llamado Portículus, de situación elevada y formado por un pequeño puerto, que venía a ser entrada y camino de la Serena. Portículus significaba puerta y puerto, llave, entrada y paso. Y en realidad lo era, desde Lusitania a la Beturia. Se han encontrado algunos restos Arqueológicos, entre ellos una lápida con la inscripción: ”P.TALIUS:Q.F.PAP.LEG.X/HIC SITUS.EST."
Como precedente directo del núcleo que conocemos hoy, aparece Vesci, establecida en el siglo I d.c. El Marqués Torres Cabrera en su libro; Páginas de Extremadura: Villanueva de la Serena (1900), lo afirma y aporta el hallazgo de diversos testimonios arqueológicos y epigráficos. Noticia que también recoge Muñon Gallardo en Apuntes para la historia de Villanueva de la Serena. Otros autores, como Ortiz de Thovar, que atribuyen a la localidad un origen más antiguo, pues se remontan a la época de los túrdulos, noticia que recoge Bernabé Moreno de Vargas en Historia de Merida.
En el siglo X los árabes levantaron un castillo en el margen derecho del rio Guadiana que se llamó Almojáfar o Mojáfar que se trataba de una atalaya o puesto de defensa del rio en esta zona.
En 1303 el núcleo fue cedido por Fernando IV a la Orden de Alcántara para su repoblación, bajo el nombre de Aldeanueva. En 1423 alcanzó el rango de Villa, contando con una cerca amurallada de la que no se conserva ningún vestigio, pero cuyo trazado resulta bien conocido.
En 1504 se instalaba en ella el Priorato de la Orden trasladado desde Magacela. Desde esa época la población luce en su escudo el lema que la señala como Puerta de la Serena.
A finales del siglo XVI y comienzos del XVII (con una población aproximada de 3.500 habitantes), se convirtió en el municipio más importante de la comunidad de Villa y Tierra de Magacela y en la cabeza de los 18 pueblos enclavados en el territorio de la Real Dehesa de la Serena .La población se sitúa en el borde occidental de la comarca, en el ámbito donde se solapan las comarcas de Vegas Altas del Guadiana y las llanuras de La Serena. Junto con Siruela, fue la sede de las reuniones de la Mesta, distinguiéndose a partir del siglo XVII como uno de los centros más florecientes de la región.
En el XIX (1856) recibió de Isabel II el título de Ciudad, al mismo tiempo que Don Benito. A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye como municipio constitucional en la región de Extremadura. Desde 1834 es cabecera y sede del Partido judicial de Villanueva de la Serena. En el censo de 1842 contaba con 1997 hogares y 7296 vecinos.
Durante la Guerra Civil, Villanueva fue leal a la República, cayendo en poder del bando sublevado en julio de 1938 y sufriendo entonces los republicanos una violenta represión por parte de las fuerzas franquistas, cuyas consecuencias aún perduran dado que no se han hallado los cuerpos de los republicanos fusilados y enterrados en algún paraje desconocido próximo a la localidad de Medellín
Villanueva de la Serena ha experimentado en los últimos tiempos un extraordinario desarrollo, habiéndose convertido en pocas décadas en una ciudad moderna, abierta y dinámica, muy pujante en el terreno económico, social y cultural, constituyendo, junto con Don Benito, un poderoso centro de servicios, cuya influencia se proyecta con fuerza sobre todo el territorio circundante.
Villanueva de la Serena es una de las siete grandes ciudades de Extremadura. Enclavada entre las comarcas de La Serena y Las Vegas Altas (es partido judicial de La Serena e históricamente Puerta de la Serena, como indica su escudo y su bandera).
Es un núcleo poblacional con más de 25.500 habitantes, que tiene un gran potencial económico y de servicios; centrado en el potente sector agrícola (importante producción de frutales, tomate y arroz) y en la prestación de servicios, especialmente el comercio.
Cuenta con tres entidades locales menores: Valdivia, Entrerríos y Zurbarán, que destacan por su actividad agrícola. En especial Valdivia y Zurbarán con importantes centrales hortofrutícolas, siendo la zona referente mundial en fruta de hueso.
Una ciudad que cuenta con una larga historia, que ha ido enriqueciendo a la Villanueva actual, aunque el paso del tiempo ha ido borrando parte del patrimonio local. A pesar de ello, la ciudad conserva edificios destacados, el más antiguo de 1310: la Casa de la Tercia en la calle Judería. Además de la imponente parroquia de Nuestra Señora de la Asunción, la de San Francisco de Asís, que fue también convento. Además del palacio prioral de la Orden de Alcántara, actual sede de las Concepcionistas Franciscanas.
A lo largo de su historia, han sido varios los nombres y títulos que ostentado la actual Villanueva de la Serena. Finalmente, su actual denominación Villanueva de la Serena la encontramos por primera vez el 10 de Mayo de 1423.
Desde 1856, ostenta el título de Ciudad, otorgado por la reina Isabel II.
